İlk olarak Yavuz Sultan Selim'in 1517'de Mısır'ın fethinden sonra İstanbul'a getirdiği Mukaddes Emanetler, bugün adı Hırka-i Saadet Dairesi olan Has Oda'da sergileniyor.
"Mukaddes Emanetler" arasında Hazreti Muhammed başta olmak üzere, daha önceki peygamberlere, halifelere ve sahabelere ait eşyalar bulunuyor.
Dairede ayrıca Hazreti Muhammed'in hırkasının yanı sıra sancak-ı şerif, Uhud Savaşı sırasında kırılan dişinin parçası, name-i saadetleri, sakal-ı şerifleri, kılıcı, yayı ve kadem-i şerifleri yer alıyor.
Mekke ve Medine'ye ait parçaların yanı sıra oradaki eserleri muhafaza etmek için yapılan kılıf, sanduka gibi eşyaların da sergilendiği "Mukaddes Emanetler Dairesi"nde, Yavuz Sultan Selim'in 'Mukaddes Emanetler'i Mısır'dan getirmesinden sonra Hırka-i Saadet'in yanında Kur'an-ı Kerim okutmaya başlayışından bugüne kadar 24 saat kesintisiz Kur'an-ı Kerim okunuyor.
Müzede ayrıca Hazreti İbrahim'in tenceresi, Hazreti Musa'nın asası, Hazreti Davud'un kılıcı, Hazreti Yusuf'un cübbesi, halifelere ve sahabeye ait kılıçlar, Hazreti Fatma'ya ait gömlek, Kabe anahtarları, Hacerü'l Esved mahfazası gibi "Asr-ı Saadet"i yansıtan mukaddes emanetler de sergileniyor.